大约1万年前，由四倍体与二倍体物种杂交起源产生了原始的六倍体小麦（图左），古代农民驯化后形成了地方品种或称为农家品种，我们的祖先们种植的小麦就是农家品种。而我们现代种植的小麦品种是育种家们运用遗传学知识培育而成的（图左）。在小麦起源过程中，存在“进化瓶颈”。幸运的是，我们可以人工模拟小麦的起源过程，重新合成小麦，重新引进小麦祖先的优良变异。小麦研究所的研究人员利用14年时间，模拟小麦起源过程并将新合成的小麦SHW-L1应用于育种，选育出小麦新品种“蜀麦969”（图右）。该品种产量潜力高，并达到强筋小麦品种审定标准，而且比通常的品种早熟，但不清楚该品种是如何解决产量、品质、早熟之间的负相关问题，推测与祖先物种的特殊遗传物质导入有关。
为了深入认识人工合成小麦的遗传学基础，小麦研究所的研究人员与中国农科院毛龙课题组及诺禾致源生物技术公司合作，进行mRNA和小RNA的转录组分析发现，亲本的基因组在新合成小麦中存在显性表达现象，其中四倍体亲本的显性表达基因通常与植株发育有关，而二倍体的显性表达基因倾向于与适应性有关。同时，小RNA的调控作用可能影响了部分同源基因组的基因表达水平，从而对新小麦的杂种优势有贡献。该研究已发表在Plant Cell (http://www.plantcell.org/content/early/2014/05/16/tpc.114.124388.abstract)。 同时，该杂志编辑对该结果做了进一步的介绍（http://www.plantcell.org/content/early/2014/05/16/tpc.114.127183.full.pdf）。
